La ANID se estructura en base a cinco ejes estratégicos, bajo las cuales se agrupan los programas e instrumentos para el fomento del desarrollo científico, tecnológico y de la innovación.

• Subdirección de Capital Humano
• Subdirección de Centros
• Subdirección de Redes, Estrategia y Conocimiento
• Subdirección de Proyectos de Investigación
• Subdirección de Investigación Aplicada