| Subdirección de Capital Humano |
- Programa Formación de Capital Humano Avanzado, PFCHA
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| Subdirección de Centros |
- Programa de Investigación Asociativa, PIA
- Iniciativa Científica Milenio
- Fondo de Financiamiento de Centros de Investigación en Áreas Prioritarias, Fondap
- Programa de Equipamiento Científico y Tecnológico, Fondequip
- Centros Regionales
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| Subdirección de Redes, Estrategia y Conocimiento |
- Programa Nacional para el desarrollo de la Astronomía y Ciencias Afines
- Programa de Información Científica
- Programa de Inserción, PAI
- Programa de Cooperación Internacional, PCI
- Programa Regional
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| Subdirección de Proyectos de Investigación |
- Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico, Fondecyt
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| Subdirección de Investigación Aplicada |
- Fondo de Fomento al Desarrollo Científico y Tecnológico, Fondef
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