El único requisito que excluye a programas de doctorado acreditados lo hace a la fecha de cierre de postulación. Por lo tanto, si cumple con los demás requisitos establecidos en las bases concursales, y resulta acreditado luego de la postulación no será declarado fuera de bases.
Uno de los objetivos específicos del concurso Fortalecimiento de Programas de Doctorado es:
"Implementar un plan de trabajo (3 años) que contribuya a incrementar las capacidades del programa de doctorado, estableciendo las acciones para comenzar o concretar el proceso de acreditación ante la CNA."
Si la acreditación del programa es obtenida antes de terminar la ejecución del proyecto, este puede continuar sus actividades hasta cumplir con todas sus metas y rendiciones de cuentas. No se dará por terminado un proyecto solo por el hecho de obtener la acreditación.